Edman-Abbau

Emma1307 · Anmeldungsdatum: 07.04.2019 Beiträge: 46

Meine Frage:
Hallo, es gibt eine Aufgabe, bei der ich nicht ganz weiterkomme.
Die Aufgabe lautet komplett: Edmanabbau vs ASA vergleich einer Sequenz! Selbes peptid ja oder nein? wie kann man unbekannte aminosäure beim edman abbau identifizieren, ein vorgehen bennenen bevor man edman abbau durchführt (ist aus einer altklausur rekonstruiert)

Meine Ideen:
Ich bin mir nicht sicher, welches Vorgehen man vor dem Edman-Abbau durchführen muss. Ich habe mir überlegt das man größere Peptide einen tryptischen Verdau unterzieht und dann mit den entstanden Sequenzen den Edman Abbau durchführt. Was mich etwas irritiert hat ist das im Praktikum, die zu untersuchende Sequenz am C-Terminus modifiziert war (z.B. haben wir die Sequenz H-K R Y I H R D L A-NH2 bekommen).
Wird der C-Terminus vor dem Edman-Abbau modifiziert?
Die Identifizierung der Aminosäuren wird doch per HPLC gemacht, indem die Retentionszeit mit einem Standard verglichen wird?
Dann verstehe ich außerdem nicht ganz, was hier mit ?selbes Peptid? gemeint ist.
Falls mir hier jemand helfen kann, wäre ich sehr dankbar.

imalipusram

Tryptischer Verdau und Isolierung der Fragmente ist sicher sinnvoll.

Schau mal, ob das C-terminale Amid den Abbau, der ja vom N-Terminus her läuft, irgendwie behindert (evtl. könnte die letzte Peptidbindung nicht gespalten werden. Prinzipiell stören sollte es nicht (vgl. Asn und Gln).

Unbekannte Aminosäuren (eher posttranslationale Modifikationen, welche die Abbaureaktion überstehen) fallen meistens in der HPLC auf, wenn sie nicht mit den Standards kongruieren.

Den Edman-Abbau wird man heute nur noch in Spezialfällen anwenden, da die vorangehende Proteinisolierung und der Analyseprozeß sehr aufwändig sind.

Die Isolation einzelner Spots aus einer 2D-Elektrophorese mit nachfolgendem tryptischen Verdau, dann Erzeugen von Fingerprints mittels LC/LC-MS, ist hoch automatisierbar, eine auch automatisierte Datenbankabfrage spuckt dann aus, was in der Probe drinnen war.
Kann man toll zur Analyse der differenziellen Genexpression einsetzen. Anwendungsbeispiel: DOI: 10.1007/s00125-012-2456-x

Sollte der Analyt in Reinform vorliegen (Peptidsynthese, rekombinante Produktion, Herstellung im Fermenter, etc.) kann man damit natürlich direkt in den Verdau oder ggf. gleich in das MS gehen.