RegistrierenRegistrieren   LoginLogin   FAQFAQ    SuchenSuchen   
Konzentrationen trotz unbekannter verdünnung korrigieren
 
Neue Frage »
Antworten »
    Foren-Übersicht -> Analytik
Autor Nachricht
Alexis



Anmeldungsdatum: 14.12.2012
Beiträge: 1

BeitragVerfasst am: 14. Dez 2012 16:15    Titel: Konzentrationen trotz unbekannter verdünnung korrigieren Antworten mit Zitat

Meine Frage:
Liebe Community,
Ich bin Mediziner und stehe derzeit vor einem Problem welches mich seit einiger Zeit plagt.
Wir haben in einem klinischen Experiment Lungen vor einiger Zeit mit einer Nährlösung perfundiert und dabei zu jeder Stunde Proben der Lösung aufbewahrt.
Diese haben wir jetzt über unser Labor auswerten lassen um den Verlauf eines bestimmten Proteins zu bestimmen.
Das einzige Problem dabei: Während dem Experiment wurde (verbrauchtes) Perfusat aus dem Kreislauf genommen und (frisches) wieder hinzugefügt. Diese Volumina wurden damals nicht mitgeschrieben und somit können wir mit den aktuell gemessenen Protein-Konzentrationen nicht viel anfangen.
unser Lösungsansatz:

Meine Ideen:
Das Volumen zum Zeitpunkt 0 ist uns bekannt und wir haben diesem eine bekannte Menge Cortison hinzugefügt. Das Cortison wurde in unserem Setting nicht verändert und wir können dessen Konzentration in den aufbewahrten Proben bestimmen.
Meine Idee war es die Verdünnung rückwirkend (anhand vom Cortison)zu errechnen um danach die Proteinmenge zu korrigieren.
Dies habe ich bis jetzt nicht geschafft da eben eine unbekannte Menge des Perfusates entfernt worden ist und eine unbekannte Menge hinzugefügt (nicht aus Nachlässigkeit sondern aus klinischen Überlegungen - im nachhinein ist man immer schlauer :P)
Fällt euch hierzu ein wie ich diese Aufgabe bewerkstelligen könnte?
lg
Alexis
Daniel35



Anmeldungsdatum: 10.09.2012
Beiträge: 1127

BeitragVerfasst am: 14. Dez 2012 16:26    Titel: Antworten mit Zitat

Was ist das Problem bei der Cortison-Bestimmung? Über Cortison als internen Standard könntest du den Verdünnungsfaktor deiner Proteine bestimmen. Aber so ganz sauber erscheint mir das nicht.
magician4
Administrator


Anmeldungsdatum: 05.10.2009
Beiträge: 11672
Wohnort: Hamburg

BeitragVerfasst am: 14. Dez 2012 17:10    Titel: Antworten mit Zitat

in ergaenzung:

...wobei ich mir, wenns drauf ankommt, halt auch ne zeitabhaengige degradationskurve des cortisons unter den versuchsbedingungen, d.h. auch bei verschiedenen initalkonzentrationen erstellen wuerde, und mir zumindest ein paar gedanken ueber "wiederfindungsrate unter experimentalbedingungen" machen wuerde.
in irgendnem gewebsmatsch naemlich gezielt eine einzelne chemische substanz zu detektieren, welche ihrerseits potentiell in vielerlei hinsicht auch noch sensibel gegen diverse modifikationen ist, wuerde ich instinktiv mal als nicht trivial unterstellen.
und ein interner standard welcher seinerseits unbekannt variabel ist, ist eben kein guter solcher...

sobald das jedoch alles ausgeraeumt sein sollte , stellt der rest, basierend auf belastbaren gemessenen einzel-konzentrationen, natuerlich dann kein problem mehr da

oder sollte die qualitaet der medizyniker-ausbildung inzwischen sogar bereits derart heftig nachgelassen haben, dass dir die mathematik des rueckrechnens probleme bereitet? Big Laugh


gruss

ingo

_________________
ein monat im labor erspart einem doch glatt ne viertel stunde in der bibliothek!
Alexis2



Anmeldungsdatum: 14.12.2012
Beiträge: 3

BeitragVerfasst am: 14. Dez 2012 21:21    Titel: Antworten mit Zitat

Vielen Dank für die prompte Antwort
Die Bestimmug der Cortison-konzentration stellt überhaupt kein Problem dar. In diesem Setting wird das Cortison weder verstoffwechselt noch ausgeschieden (es hängt keine Leber/Niere daran) und ich gehe zu 100% davon aus dass die Bestimmung mitels ELISA stimmt.

Vielleicht habe ich mein Problem nicht ausführlich genug beschrieben oder es ist in Wirklichkeit kein Problem und die Meduni ist an meinem Unwissen schuld. :P

Ich versuche es einfach nochmal:

Sagen wir eine schlechte Lunge setzt viel von dem bestimmten Pruotein frei und ein gute weniger. Dies geschieht kontinuierlich und nicht linear da der Zellstress mit der Zeit unter Perfusion steigt.
Ich könnte jetzt zu bestimmten Zeitpunkten eine [protein]/[cortison] ratio bestimmen und diese untereinander vergleichen da sie ja gleichzeitig verdünnt werden. Allerdings möchte ich absolut Mengen errechnen und dies ist mir bis jetzt nicht gelungen.

Mein Problem ist dass nicht bekannt ist wie (und wann) das Perfusat zwischen den Probenentnahmen entfernt und/oder nachgefüllt worden ist.
Ich habe einiges versucht und komm einfach nicht drauf.

zur Veranschaulichung habe ich ein kleines Excel file geschrieben um einfach verschiedene Möglichkeiten zu versuchen.:
konzentrationsrechnungen.xlsx
Ach ja: Sauber ist das ganze tatsächlich nicht. Als die Versuche gemacht worden sind hat einfach niemand daran gedacht die Volumen zu bilanzieren da es schlichtweg nicht das damalige Forschungsziel war.
magician4
Administrator


Anmeldungsdatum: 05.10.2009
Beiträge: 11672
Wohnort: Hamburg

BeitragVerfasst am: 14. Dez 2012 22:06    Titel: Antworten mit Zitat

Zitat:
(...) und ich gehe zu 100% davon aus dass die Bestimmung mitels ELISA stimmt.

* huestel
du bist noch recht neu in dem geschaeft, oder?
nen ELISA reproduzierbar auf besser 5% genauigkeit zu trimmen ist ne kunst.....
... die unter anderem an deinem antikoerper haengt, also wie exakt der fluoreszenzmarkiert ist, wie spezifisch seine haftung ist usw. usf...
... und ob dein gesuchtes target ueberhaupt sich mit dem antikoerper stilvoll verbinden mag (z.b. weil es grad selbst just mit eben der eigentlich geplanten andockstelle nun aber doch an irgendnem rezeptor bummelt oder so, und daher grad zu beschaeftigt ist den anti zu futtern)...
... und tausenderlei feinheiten mehr: z.b. wie praezise ist deine eppendorf-pipette ?.
... denn aus irgendnem grund habt ihr das cortison ja schliesslich mal initial in die suppe gekippt, und wenn es diesem seinem bestimmungsgemaessen tagwerk just grad nachgeht ist es halt "verschwunden" aus sicht des antis, wenns dumm laeuft


aber egal, konkret zu deinem messproblem:
wenn ich deinen exel-sheet grad recht interpretiere, dann startet ihr mit ner bestimmten cortison-konzentration, entnehmt dann ein bestimmtes probevolumen aus der sosse, und fuellt wiederum mit ersatzsosse nach, die ihrerseits aber ebenfalls bereits mit gleicher cortisonkonzentration schon vordotiert ist
--> die entnahmemenge des intenen standards ist gleich der wieder nachgefuellten menge des internen standards, da du wieder auf gleiches volumen auffuellst mit einer sosse gleicher internstandard-konzentration

--> da kannste so dann leider auch definitiv gar nix berechnen, da du dann ja keinerlei verduennungseffekt hast

...oder interpretier ich da deine daten falsch?


gruss

ingo

_________________
ein monat im labor erspart einem doch glatt ne viertel stunde in der bibliothek!
Alexis2



Anmeldungsdatum: 14.12.2012
Beiträge: 3

BeitragVerfasst am: 15. Dez 2012 17:26    Titel: Antworten mit Zitat

Ich bin so neu in dem Geschäft dass ich die ELISAS nicht selber mache sondern vom Spitalslabor machen lassen. Eine Genauigkeit von 30% wäre mir schon vollkommen ausreichend aber darum geht es hier ja nicht.

Was du falsch interpretiert hast ist folgendes: das Cortison habe ich nur zum zeitpunkt T0 "in die Soße gekippt" und die "Ersatzsoße" wie du sie bezeichnest ist NICHT mit Cortison vordotiert (was klarerweise jegliche Rückrechnungen unmöglich machen würde).

Nach welcher Formel komme ich deiner/eurer Meinung nach auf die Menge Protein welche die Lunge zum Zeitpunkt Tn ausgeschüttet hat?
Bekannt sind nur :
- Initial volumen T0
- Cortisonmenge T0
- Proteinkonzentration zu jedem Zeitpunkt (T0, T1, T2)
- Cortisonkonzentration zu jedem Zeitpunkt

Ich befürchte immer noch dass das "entnommene" Volumen mir den Strich durch die Rechnung macht da eben nicht bekannt ist wann und bei welcher Protinmenge dies passiert ist.
magician4
Administrator


Anmeldungsdatum: 05.10.2009
Beiträge: 11672
Wohnort: Hamburg

BeitragVerfasst am: 15. Dez 2012 18:16    Titel: Antworten mit Zitat

aehm...zwischen diesen beiden aussagen:
Zitat:
(...)und ich gehe zu 100% davon aus dass die Bestimmung mitels ELISA stimmt.
(...)
Eine Genauigkeit von 30% wäre mir schon vollkommen ausreichend

liegen welten, wie du mir hoffentlich zustimmst
..was mich zu der annahme fuehrte, dass du dich mit den moeglichkeiten der messmethode, und insbesondere ihren limits, noch nicht wirklich viel beschaeftigt haettest, somit "neu" in dem geschaeft seist.

ansonsten:
Zitat:
(...)aber darum geht es hier ja nicht.

auch hier irrst du: ja, genau darum geht es leider doch

nehmen wir an du habest eine sosse mit einem gehalt an "irgendwas" von 0.1 mol/l
in 1 liter dieser sosse sind sodann 0.1 mol "irgendwas", absolut , enthalten.
nehmen wir weiter an, du entnaehmest von dieser sosse 100 ml (und verarbeitest die irgendwie andernorts weiter): es verbleiben 0.09 mol, absolut, im ausgangsgebinde.
dieses verfuellst du sodann wieder ad 1 l , wodurch du eine neue konzentration an "irgendwas" von 0.09 mol/l generierst
diese bestimmst du sodann mit einer genauigkeit von +/- 30% , mithin generierst "zufaellige" messwerte zwischen 0.117 mol/l und 0.063 mol/l


mit solchen ergebnissen bist du komplett geborsten, wenn du aus den ergebnis-messungen des internen standards auf den verduennungsfaktor zurueckrechnen willst, denn du erhaeltst im einen grenzfall 117% der ausgangskonzentration, hast also um entsprechendes aufkonzentriert, im anderen fall jedoch nur 63% der ausgangskonzentration, was einem austausch von 37 % des volumens entspreche (statt, wie in diesem beispiel, tatsaechlich 10%)

--> eine derat hohe messungenauigkeit fuehrt zu grosser unsicherheit in der rueckrechnung, bereits im ersten verduennungsschritt

... was sich durch die aufeinanderfolge mehrerer messungen nur noch potenziert.


last not least:
Zitat:
- Cortisonkonzentration zu jedem Zeitpunkt

genau diese kann ich leider deiner tabelle nicht entnehmen, und genau diese braeuchte man aber, um dort mit dem rechnen loszulegen.
mithin: gib mir die konzentrationen c(cortison) in T0, T1, T2 ...
... und ich rechne dir gerne die nominalen verduennungsfaktoren vor...
..was auch immer derart matematisch-praezise berechnungen angesichts des hausnummern-artigen der zugrundeliegenden messwerte wert sein moegen.

aber dann siehst du zumindest mal den ansatz, und kannst dann im weiteren wieder selbst entscheiden, was du mit den so generierten zahlenwerten dann belastbares dich auszusagen traust

--> c(cortison) (Tx) , gemessen, bitte nachtragen

gruss

ingo

_________________
ein monat im labor erspart einem doch glatt ne viertel stunde in der bibliothek!
Alexis2



Anmeldungsdatum: 14.12.2012
Beiträge: 3

BeitragVerfasst am: 16. Dez 2012 23:10    Titel: Antworten mit Zitat

Lieber Ingo,
Ich stimme dir zu dass Messfehler sicher ein starken Einfluss auf die Aussagekraft haben. Bei höheren Fallzahlen (in diesem Fall 22 Messserien) erhofft man sich in der klinischen Forschung dennoch eine Signifikanz und ich denke dass wir einfach ein anderes Arbeiten gewohnt sind :P.

Meine erhoffte Aussage:
Gesunde Lungen sezernieren im schnitt so und so viel mg/h von dem Protein. Kranke lungen hingegen so und so viel.

Die genauen Daten hab ich leider bis nach den Feiertagen nicht zu Hand aber ich habe ein Beispiel in die excel Tabelle eingefügt anhand dessen ich hoffentlich den Lösungsweg verstehe Hammer .

Proteinkonzentrationen.xlsx

Genauere Aussagen traue ich mich so oder so erst nach einer standfesten Statistik

dank dir für deine Mühe

Alexis
magician4
Administrator


Anmeldungsdatum: 05.10.2009
Beiträge: 11672
Wohnort: Hamburg

BeitragVerfasst am: 17. Dez 2012 20:06    Titel: Antworten mit Zitat

Hi,

vorbemerkungen:

es macht einen gewaltigen unterschied, ob ich aus der untersuchung von 22 patienten dann mit biomedizinisch-statistischen daten ueber irgendwelche korrelationskoeffizienten eine "trend" (bandbreite proteinkonzentration soundsoviel bei gesund, soundsoviel bei krank , incl. z.b. 90% konfidenzintervall) herausarbeite, welcher z.b. die diagnostik bestimmter erkrankungen aufgrund irgendeines signifikanten protein-levels erleichtern soll...

... oder ob ich bei der messung eine basisgroesse dieses verfahrens - also der proteinkonzentration resp. des interenen standards - bereits systematische probleme habe

du kannst das eine (unsicherheit in der bestimmung des internen standards) nicht einfach mit dem anderen ( statistik ueber mehrere patienten krank / gesund) "glaetten".

um trotzdem bei gegebener messunsicherheit der einzelmessung der proteinkonzentration / des internen standards verbesserungen zu erhalten bleibt dir nichts anderes uebrig, als exakt diese einzelmessung mehrfach duchzufuehren, und ueber die einzelresultate dann statistisch rueberzugehen

dies ist im deinem fall sogar ganz besonders wichtig, weil die gemessene konzentrationsdifferenz c bei z.b. gleichem austauschgrad a bei spaeteren (=groesseres n ) untersuchungen immer kleiner wird mit c = (1-a)n - (1-a)(n+1)
dadurch wird der relative fehler " c / messunsicherheits-intervall" in der rueckrechnung potenzartig anwachsen

... und das ist das letzte was du wirklich willst , wenn du spaeter auch noch ueber deine patientendaten ne darauf aufbauende 2. statistik rueberzuziehen beabsichtigst


soderle, zu deinen dummy-daten:

- ich gehe davon aus, dass aus einem gegebenen volumen eine bestimmte, zunaechst unbekannte probemenge entnommen wurde, und dass der rest sodann mit "loesungsmittel, cortsonfrei" wieder auf exakt das urspruengliche volumen aufgefuellt wurde.
- ich gehe ferner davon aus, dass im rahmen dieser operation die probe hernach hinreichend wieder homogenisiert wurde, damit die cortisonkonzentration sodann ueber das gesamte neu-volumen hinweg wiederum konstant (und somit als interner standard wieder repraesentativ fuer die verduennung) ist

es ergibt sich

schritt 1: ausgangssituation - nach erster entnahme
in diesem schritt hast du (1- 0.36364):1 = 63,636% deines loesungsmittels ausgetauscht

schritt 2 : nach erster entnahme - nach zweiter entnahme
in diesem schritt hast du (0.36364 - 0.28788): 0.36364 = 20,833% deines loesungsmittels ausgetauscht

schritt 3 : nach zweiter entnahme - nach dritter entnahme
hier veraendert sich die konzentration des internen standards nicht: es hat rein rechnerisch also ueberhaupt keine entnahme ( mit nachfolgender verduennung) stattgefunden! *)

schritt 4 : nach dritter entnahme - nach vierter entnahme
in diesem schritt hast du (0.28788- 0.24675): 0.28788 = 14,287% deines loesungsmittels ausgetauscht


soderle, ich hoffe das grundsaetzliche rueckrechnungsprinzip usw. ist soweit ersichtlich?

good luck


ingo




*)
dies waere z.b. ein problem, in welches du mit realen daten auch laufen koenntest: der messwert der 2. entnahme lag am unteren ende, derjenige der dritten entnahme am oberen ende der streubreite, was zufaellig "identitaet" ergibt (trotzdem du ja ganz offenkundig-real verduennt hattest)

_________________
ein monat im labor erspart einem doch glatt ne viertel stunde in der bibliothek!
Neue Frage »
Antworten »
    Foren-Übersicht -> Analytik

Verwandte Themen - die Neuesten
 Themen   Antworten   Autor   Aufrufe   Letzter Beitrag 
Keine neuen Beiträge Verdünnung mit Konzentration aus NanoDrop für Restriktionsve 1 LinA2123 254 09. Dez 2020 11:38
AC-Gast Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Verdünnung,Konzentration 1 CC11 239 16. Nov 2020 19:13
AC-Gast Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Wieso werden Elektronen trotz der fliehkraft nicht aus dem A 4 Jomavidoli 296 27. Okt 2020 11:32
AC-Gast Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Verdünnung 10 Aynaz 417 23. Okt 2020 21:12
Aynaz Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Reaktionsgleichungen korrigieren 4 Rika 396 06. Aug 2020 06:38
Nobby Letzten Beitrag anzeigen
 

Verwandte Themen - die Größten
 Themen   Antworten   Autor   Aufrufe   Letzter Beitrag 
Keine neuen Beiträge Konzentrationen von Histidinspezies bei verschiedenen pH-Wer 12 Chemic-Goose 1829 22. Sep 2019 00:25
magician4 Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Verdünnung 10 Aynaz 417 23. Okt 2020 21:12
Aynaz Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Konzentrationen, Massenanteil 9 samira 2904 16. Jan 2017 01:18
magician4 Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Unterschiedliche Konzentrationen in den Halbzellen 9 Gast 3300 06. Nov 2016 22:16
dnlgrnr Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Reaktionsgleichungen, Hilfe?? 8 Nicolas 4108 13. Feb 2006 15:31
Cyrion Letzten Beitrag anzeigen
 

Verwandte Themen - die Beliebtesten
 Themen   Antworten   Autor   Aufrufe   Letzter Beitrag 
Keine neuen Beiträge Verdünnung berechnen 1 Lara1985 18472 04. Nov 2007 23:05
Michael aus Nbg Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Verdünnung von H2O2 2 Gast007 13002 06. Dez 2005 20:23
Gast007 Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Verdünnung/Konzentration ausrechnen 3 Gast 12228 13. Aug 2015 14:23
ka Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Verdünnung konzentrierte Schwefelsäure 2 Gast 10927 15. Jun 2013 21:08
ka Letzten Beitrag anzeigen
Keine neuen Beiträge Konzentrationen berechnen 2 nele1 9632 05. Jan 2018 17:59
Nobby Letzten Beitrag anzeigen